开机弹出窗口,要点确定才能看到欢迎使用!

这不是什么病毒，是一个开机提示功能。
打开注册表，在HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion下删除Winlogon项。或者将下面的代码复制到记事本，另存为××.reg运行就可以了，保存的时候注意扩展名，不要保存为××.reg.txt了。
Windows Registry Editor Version 5.00
[-HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Winlogon
]

那应该是电脑中了病毒,

你说的太不清楚了。
不过大概三种可能性：
1、有恶意插件，这种东西有可能在开机时候自动弹出一些窗口。
2、软件损坏：我以前遇到过，开机一直报错，后来突然发现飞信打不开了，打开飞信报错和开机报错一样，因为开机默认自动打开飞信。
3、系统缺少文件，普遍存在与开机和打开某软件时，一般报错缺少dll文件或者其他的，一般记下这个文件在网上找下下载下来安装上就好。

进入安全模式用360查杀恶意软件

废话少说 开始-运行--输入MSCONFIG确定，里面除杀软跟CTFMON外全部取消，重启OK！

这个应该是开机提示语，希望不是别人帮你弄的，不然他可能还弄了别的，这样你的机子就有点危险了∧_∧!

取消的方法是

点开始菜单（XP默认开始菜单）→控制面版→（性能和维护）管理工具→本地安全策略→本地策略→安全选项→交互式登陆：用户试图登陆时消息标题 和 交互式登陆：用户试图登陆时消息文字 （把里面的内容删除！）就可以了

或开始菜单（经典开始菜单的）→设置→控制面版→（性能和维护）管理工具→本地安全策略→本地策略→安全选项→交互式登陆：用户试图登陆时消息标题 和 交互式登陆：用户试图登陆时消息文字 （把里面的内容删除！）

如果是经典视图的控制面版就直接选择管理工具 ，如果是分类视图的控制面版就选择 性能和维护