我用的是新中大软件.

你在设置科目时，把某科目设置成“部门核算”，这样才能在初始部门及余额那录此科目的部门余额。

设置科目核算方式，首先进入账务处理系统-初始设置-基本设置-部门核算方式（查看是否设置了部门核算）如果是就要在部门设置里面设置相应的部门-然后进入-科目及余额初始-科目设置-点击需要设置部门核算的科目（比如管理费用）,双点管理费用（或者点击修改）-出现编辑对话框-部门核算选择“是”，并确定，这样就设置好了。
如果初始完成-操作如下-进入日常账务-辅助管理-会计科目更改-找到需要设置的科目-点击其他-选择更改科目特征\部门核算方式-更改为部门核算-并确定（前提是你设置的科目没有发生账务并且没有余额）。
如果你的已经初始完了，并且没有设置部门核算我建议你重新建帐套。或者新加科目，并用凭证把以前的余额转过来，但是这样好像不是很理想，所以我建议你用第一种方法。