新世纪福音战士中所说的剧本是怎么一回事

SEELE的剧本就是死海文书，SEELE要按照死海文书进行人类补完计划。
原度的嘛，就是他自己的计划喽~原度想自己成为神与唯见面。
SEELE于原度的计划是冲突的，他们互相利用对方，但都必须以消灭使徒为前提。
以上~

SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。

应该就是那些BOSS的记划吧！

你说的剧本应该指的是在灭掉水使徒后Seele的成员开会中所提到的，指的是人类补完计划——其实是人类失去了肉体回归莉莉丝的卵，失去了相互之间的隔阂以精神的形式继续存在下去，也就是精神上的补完。