服务器端的Java应用程序就是指java—servlet吗?

当然不是了，Servlet仅仅是Jsp运行的基本。也就是所有JSP页面最终都会转换为Servlet，然后运行
而服务端的运行程序，那是包括JSP、Java代码等很多程序的组合，并不仅仅是Servlet。

应该是整个网站程序...
包括jsp servlet

楼上二位非正解。
servlet一般用来截获http请求 ，根据请求的不同，调用不同的java应用程序。
比如用户请求一张图片，此请求被servlet截获之后，它会调用一个应用程序，从数据库中拿图片。
总的说来，被servlet调用的程序，是服务器端的java应用程序。