开出支票做预付，验票后，做库存，对么？

可以的
如果是当月付款 当月票就收到 也可以
借：库存商品
应交税金——增（进项）
贷：银行存款

用不了那么多进项票，也可以先入库的
抵扣联留到需要的月份认证就行了

不行啊。这样的话，等商品卖出去或领出去了，会出现没库存结转了。
你可以这样做：借：库存商品（按全额含税）
贷：银行存款
当发票来时转出库存商品里的进项税额：
借：应交税金——增（进项）
贷：库存商品

做 库存商品 要看入库单的，只看发票，到底有没货啊？税局来查帐的话不说你是虚假交易阿？
另外，“用不了那么多”是什么意思啊？