我是个人独资企业,该怎么缴税?

当然是按前者5000来交。你不要把这两个“个人所得税”搞混了。前者类似于公司制里的“企业所得税”。

因为你在此处是代表了企业，所以在缴税的时候应该按照企业的标准来交，也就是5000起征的那个标准。2000元起征点只是针对的个人，比如员工之类。