开出租车掉入水中死亡公司怎么赔偿

问题有语病，没有主语，你代表的是那家公司呢，还是死者家属？
是公司的话按照正常情况向保险公司索赔，然后向死者进行赔偿；
是死者家属的话，直接起诉公司：
1、不论存在什么样的协议，肯定要由公司负责（所有协议都应当遵守法律条款，如果有重大不公平的协议，在法律上是无效的）；
2、如果驾驶员有过错，按比例划分责任（如酒后驾车、超速等）。
具体情况还是要等交通部门鉴定事故原因后才能定。