第三次冲击后，为什么只剩下真治和明日香了啊？

在补完仪式中，真嗣作为“自由意识”控制着补完的方向（是否进行补完的选择权在真嗣手里）。
一开始真嗣想让人类被补完，神于是就按他的意志进行仪式，人类以LCL的形式回归黑之月……
可是最后真嗣放弃了补完，所以LCL又从黑之月流出，回到了地球上，但是由于人类的ATF已经受反ATF（又称 古代ATF）的影响而消失，所以人类的最终形态是LCL，人类凭此形态继续生存……
真嗣作为“自由意识”并没有被补完，而且他最后希望明日香能活下来，所以神就遵从他的意志使明日香复活（明日香手上的绷带象征母性的回归）。
所以最后活着的只有真嗣和明日香，现有的普遍的说法是，真嗣和明日香象征着新世界的亚当和夏娃~

为什么是这样的结局？三位少年都得到了“心灵”上的补完，真嗣重拾了对生活，对人类希望，明日香的母性回归，丽背叛了原度，选择了自己的路~
三位少年都得到了心灵上的补完，这是最完美的结局！

以后会怎样？
这只是动画而已，剧场版的主要内容是人类补完仪式，真嗣和明日香的最后结局并不是它要表现的~
当然，你可以自己YY~

以上~