制药工程和生物制药是不是一回事情？

是完全的两回事。一个是工科，一个是理科。
前者容易找工作，后者基本上除了科研单位无路可走。

首先，名字不一样，应该不是同义词。其次，制药工程本科毕业好找工作，生物制药不行。学后者，最好读研，读博，留学。前者不需要。