滥用抗生素的恶果之一就是产生大量的抗药菌，使抗生素效果变差或完全失效。

使用抗生素，会导致细菌的大量死亡，但是还是会有很少量有抗性的细菌存活，然后他们就会继续繁殖，如果继续使用相同的抗生素，这次就会有少量的存活，滥用之后，就相当于是对该细菌产生定向选择，使其进化

抗药性的存在并不是自抗生素大量使用后才开始的。
他也是依照物种之间互相对抗求生存的法则，既然某霉菌能分泌抗生物如盘尼西林来消灭某细菌，那么该细菌若没有对抗之方法岂不就灭种了。所以该细菌自古以来便发展出对抗抗生素的方法，或是改变其细胞壁，或是产生抗生素分解？所以抗药性是物竞天择的结果，自古即有。然而自发现抗生素以后至今之大量使用抗生素，却使得只有对抗生素产生抵抗力的细菌能够存活下来，于是具有抗药性的病菌就越来越多，人类用来对抗病菌的武器“抗生素”有效的也就愈来愈少。虽然仍有新药在研发，细菌发展抗药性的速度却不下于人们发明新药的速度。

生物的变异具有普遍性和随机性，在病菌的长期生存过程中，就已经产生出抗药性强的个体，只是与抗药性弱的个体生活在一起，受到生存环境的制约而数量很少。在不断加大抗菌素使用剂量的过程中，抗药性弱的病菌因不适应环境（抗菌素环境）而被淘汰，抗药性强的个体因适应环境生存下来，并进行了扩大繁殖，从而使得病菌的抗药性不断增强。抗生素对细菌的抗药性变异进行了定向选择，使种群的基因频率发生了定向改变。

自然状态下菌种中都存在抗药与不抗药的细菌,使用抗生素对细菌进行了选择,使不抗药细菌死亡,抗药细菌存活,如此反复,抗药菌在菌群中比例增大,抗生素效果变差或完全失效.