看到一句歌词“君はどこにいて”，为什么不是“君はどこにいますが”，明明是一样的意思啊

いて是动词形，后面可接另一动词ます形，但通常省略。
いますが是初学的正式（生硬）体~

首先歌词一般是不使用敬语的……

其次，可能是要表示承接关系- -

…て的句型

口语中很多时候不用礼貌体。
还有就是歌词为了配合旋律的节拍，有时对字数是限制的，所以把长句子缩短。

て形有很多种可能的意思
表示前后两个分句的关系，

你说的意思是一样的，但是后续部分，前后的联接是不一样的。
你说的是单独一个句子。最后的终助词不能加浊点。

既然意思一样，那又有什么关系呢
本来就是歌词，也许作词者是为了押韵呢

那得看语境了，有没有那个歌词啊？