请问硕士研究生和第三年本科考的研究生有什么区别?

没区别。
　　硕士研究生，即攻读硕士学位的研究生，简称硕士生，人们日常生活中所说的考上了硕士，读硕士等，正是指硕士研究生。本科之后的深造课程，与本科生相比研究生教育更注重培养学生的研究问题和分析问题的能力，特别是该学科科研教学的能力。
　　硕士是一个介于学士及博士之间的研究生学位(Post-Graduate)，拥有硕士学位者通常象征具有基础的独立的思考能力。
　　研究生（Postgraduate）是高等教育的一种学历，以研究生为最高学历，研究生毕业后，也可称研究生，含义为具有研究生学历的人。本科毕业后可以通过考核继续读硕士研究生，而硕士研究生可以继续攻读博士研究生。硕士研究生毕业后可获取硕士学位，博士研究生毕业后可获取博士学位。
　　在中国大陆地区，普通民众习惯将硕士生称为“研究生”，将博士生称为“博士生”。在日本，研究生指的则代表练习生、实习生、候补生、旁听生、预科生、非正规生等意。
　　2014年8月4日，教育部就研究生推免工作发出通知，从今年起研究生推免名额不再区分学术学位和专业学位，不再设置留校限额。

研究生从学位上来分可以分为硕士研究生和博士研究生，硕士生学制三年，本科毕业后可进入硕士研究生阶段学习，毕业后获得研究生毕业学历和硕士学位，硕士生毕业后可进入博士研究生阶段学习，毕业后获得博士学位。

研究生从招生方式可分为统招研究生、在职研究生、专业硕士、研究生课程班。其中只有第一种是国家认可的学历教育，毕业后可以获得研究生毕业学历和硕士学位。后三种不是学历教育，无法获得研究生毕业学历，没有毕业证，只能以同等学力身份申请硕士学位。

本科三年级不可以考研，不知道你从哪里听来这种说法的，如果是考统招的研究生，符合考研资格的人只有以下几种：
1，本科应届生，即普通高校在校本科四年级学生。
2，本科毕业生，包括普通高校本科毕业生和自考成考远程教育本科毕业生。
3，大专毕业生在毕业两年后具备同等学力，在符合招生院校提出的针对同等学力考生的附加要求后可以考研。
4，本科结业生和成人在校应届生也可以同等学力身份考研。

所以你属于第三种情况，毕业两年后可以考统招研究生。以同等学力考取统招研究生后的学制和在校