我把公司机器上的轴弄坏了

这样是不合法的，在实习阶段你出事，你的直接主管是有责任的，损坏也不应该你来赔偿，最多把你辞掉。我们码头上次一位同事违规操作，导致船撞坏了桩基，损失一百多万也只是把他辞退，并没有要赔钱的。

公司企业可以把你辞退,但问题是,把你辞退还不如让你赔,
你觉这家公司怎么样,如果有前途,有潜力发展,你就让他扣被,反正也不多,你还可以多学到知识,有了经验和技能 才是你将来提升自己的基础.

不知道你是不是全额赔偿?

这样扣钱肯定没有道理的，你可以向12333劳动者维权热线咨询和投诉。