我一个女同学，平常我们关系不错。可现在她认为我喜欢她，对我不理睬，发短信不回，连说清楚的机会都没有

这的确是挺令人烦恼的，在学校里，一些男生女生走得稍近一点，就总会有旁人说些闲话，总会有人认为不是单纯的朋友关系。这种情况还是要说清楚，但对方是女生，你都不曾开口说过喜欢她，她就以自己的方式（或听从旁人）来误以为你喜欢她。在这种情况下，希望你能婉转的解释。不要说得太白，免得有些女生要面子或自尊心受到打击而采取更决断的方式来与你决裂。

她的怀疑应该没错

好好解释吧。或许可以用最原始的方式，写一封长长的信。一般女生对信会比较有感觉吧。真诚的，发自内心地表达出你所想的。。。