公司跟税务局和银行签了三方协议，报税时自动划款。

网上申报完成后，你点击网上银行划款了没？应该问题出在这里，你现在拿着申报表到税务局让他们给打税款单和滞纳金单子（现在缴税过期了），然后用现金到银行去交款

完税凭证都打了，税款肯定交了，问题出在银行，记录可能会滞后。另银行给你划拨税款的凭证没有？
还得找银行，钱还没到账，没打税票就是还没有交税。注意申报和纳税是两个概念。
你是否从基本户转税款到纳税专户，可能基本户已经转出纳税专户还没收到。最好去两个银行都问一下，也许汇款出问题了，基本户还没反应出来，看你的情况应该是通过网上银行汇的吧，出这样的情况常有的事情，因为现在的银行合并网点，网点名称，行号经常变来变去，也许你上个月还按原来的开户行名称汇款呢，这个月没到账他告诉你他的开户行名称几个月钱就变了，无奈！

你申报之后有个银行划款的选项，你划款了吗？如果没有在那里划款，在银行里就不会扣啊，但是在税务局里会显示你已经早报过了，人家不知道你划款没有划款啊。

找你的税务专管员 和他说明情况 就可以了