物质是由原子构成 假设人或生物有灵魂 那灵魂是原子的什么物质形态？

说实话，第一，物质并不完全又原子组成，比如磁场，磁场属于物质，但是它却不失又原子组成。所以在古典科学中，存在“以太”的说法。
第二，物质是可以无限分割的，但是总有一种微粒子是构成物质的基础，可能科学家还没有确认，因为在粒子对撞机中，很多粒子只能存在非常短的时间，但是这也是证明它存在的依据，而最细微的微粒子可能在你想测量它的那一刹那，便已经消失了。而古代把这种及其精微的，无法认知，但是的确存在的物质称为气。所以便有万物都是由“气”构成的说法。

灵魂不应该是原子的一种什么状态，也不应是一种物质形态，如果是由物质构成的，目前的科学早就把它找到了 。根据多方推断，灵魂肯定存在，它应由非物质的形态构成，也有人把它定义为“阴性物质”。也就是说，把我们人类的感觉器官能够感受到的东西称为“阳性物质”，还有一种和阳性物质相对应的，我们人类器官无法感受到的隐性东西，叫做“阴性物质”，由于我们人类天生就在阳性世界里，我们的各种感受器都是用来感受阳性物质的，无法观察阴性物质的形态，因此也就无法了解灵魂的存在形态了。但相信随着科学的发展，总有一天，人类会通过另类的手段或方法，把灵魂问题搞清。
参考：林清泉著《灵魂学手记》

量子物理研究出，世界其实是由concept（概念）information（信息）idea（想法）组成的。

传统机械物理，受制于当时的科研条件，得出了的结论是相对狭隘的，现代量子物理已经突破了这个狭隘的世界观，研究出，分子、原子、电子，再分到夸克，继续分下去，最后的基本粒子，其实是不存在的，所谓基本粒子，就是波动（弦），也就是“一念不觉”，本来世界是清净的，平等的，没有波动，“一念不觉”，就产生波动，产生波动，就是“而生无名”,波动形成种种基本粒子就是「无明不觉生三细，境界为缘长六粗」，基本粒子就构成世界。

这方面可以参考量子物理电影《我们懂个X》（2004）：

上：http://www.tudou.com/programs/view/SzFsQRylqJU/<