what do you want to do？有两个动词？

do可以是实义动词，也可以是助动词，在这里是后者。
助动词do 的用法：
1）构成一般疑问句，例如：
Do you want to pass the CET?你想通过大学英语测试吗？
2do + not 构成否定句，例如：
I do not want to be criticized.我不想挨批评。
3)构成否定祈使句，例如：
Don't go there. 不要去那里。
说明：构成否定祈使句只用do，不用did和does。
4）放在动词原形前，加强该动词的语气，例如：
Do come to my birthday party.一定来参加我的生日宴会。
5）用于倒装句，例如：
Never did I hear of such a thing.我从未听说过这样的事情。
说明：引导此类倒装句的副词有never, seldom, rarely, little, only, so, well等。
6）用作代动词，例如：
---- Do you like Beijing? --你喜欢北京吗？
---- Yes, I do. --是的，喜欢。（do用作代动词，代替like Beijing.）

前面的do是助动词帮助want构成疑问句
后面的do是动词原型 want to do是固定句式 想要做……to do 是不定式所以这样用~~

第一个do是助动词表示疑问
want是谓语
to do是不定式做want的宾语
what是to do的宾语。

前面的do是助动词，在疑问句中加一个助动词，表示对后面动词的提问。因此这个不能算作是一个句子中有两个动词

第一个do 是助动词，第二个want 是实义动词，第三个do 是固定结构“want to +动词原形”中的动词，不矛盾。