Nobody knew______.

A，时态不对，前面用knew，后面也要用过去时，comes改成came就可以了
C。 跟A一样，is要改成was
D。 一，可以从时态看，就算有does，也要改成did
二，其实后面要倒装的，根本就不需要did引导，也就是说，要写成
where he came from

补充问题回答：
be from，come from是一个词组，是来自的意思，比如说he is from China，
你想想啊，比如你问Where is he from?这里from后面不是也缺少名词了吗？你可以这么理解，from后面的地名（名词）其实就是where。
所以，where不是状语，只不过是一个地点副词而已。

from后面不需要加名词。没人知道他是哪来的。
也可以说nobody knew where he came from.和B意思一样

knew后面加的是一个宾语从句，疑问句单独使用的时候才倒装，所以D不对
come from = be from
A应该改成came from
C应该改成was
所以选B
where是关系副词

那个名词已经被where替代.

而且这是一个宾语从句,过去式的宾语从句.

这是宾语从句，从句的时态要和主句保持一致，主句用过去时，从句也应用过去时，所以选B