增值税普通发票第二联丢失怎么办

你可以把你的寄账联复印下给客户，当然要自己公司出具的证明，在复印件上盖上公司的章，因为是普票，所以没有关系。要征求对方公司同意。
再不行如果是当月的可以作废再重开。
你用什么寄的会丢失呢。
建议你好好和对方的财务商量下，也有可能是他们搞丢了，所以最好能用第一种方法。

客户联丢失好像可以到当地（也就是你所在地的）税务局打证明，不要罚款的。具体问你的专管员吧。

国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知国税发[2006]156号第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。　

丢失的那张别做帐，让对方重新再开一张过来，你补给他税款就行，罚款的话还要先找专管员申请做废，还要再罚钱，麻烦还费钱