为什么PCR有时有条带有时没有条带

来源:百度知道 编辑:UC知道 时间:2024/06/20 11:03:58
我做的是RAPD,我确定我的操作都是一样的而且是正确的。

那可能PCR反应进行的不好,没有得到充足的DNA片段
建议改善反应条件,重新做一便.
你看下这个步骤:
1. 基因组DNA 的制备
参照萨姆布鲁克等(1996) 的方法略加改进,取足肌约100 mg 切碎并溶于裂解液中,加入蛋白酶K 至终浓
度为100μg/ ml ,充分混匀后37 ℃消化4~5 h 。加入RNase 至终浓度100μg/ ml ,充分混匀后60 ℃作用30
min 。向样品中依次加入等体积的饱和酚、酚/ 氯仿/ 异戊醇(25 ∶24 ∶1) 和氯仿/ 异戊醇(24 ∶1) 抽提蛋白,然
后以两倍体积的冰冷无水乙醇沉淀,DNA 干燥后加入适量TE 溶解,4 ℃保存。在UNIC22100 型紫外分光光
度计上测定DNA 纯度及估计模板浓度,并用琼脂糖凝胶电泳检测DNA 分子量。
2. RAPD 扩增
使用PE29600 型PCR 扩增仪,反应总体积为25μl ,其中10 ×Buffer ,2 mmol/ L Mg2 + ,012 mmol/ L 引物,
012 mmol/ L dN TP ,2U Taq 酶,20 ng 模板DNA。PCR 反应程序为95 ℃预变性5 min ,94 ℃变性45 s ,36 ℃
复性45 s ,72 ℃延伸90 s ,30 个循环后,72 ℃延伸10 min ,4 ℃保存。每次PCR 反应均设不含模板DNA 的空
白对照。扩增产物以112 %琼脂糖凝胶电泳分离,溴化乙锭染色,在BioRad2 Gel2700 TM 凝胶成像系统下观察
并拍照记录。
3. 数据处理
将RAPD 电泳谱带位点上有扩增位点的记为1 ,无扩增位点的记为0 ,建立原始数据矩阵,用Pop Gene
(Ver1132) 软件进行数据统计。群体的多态位点百分率P = 扩增的多态位点数/ 扩增的总位点数×100 %。
群体遗传多态度用Shannon′s 多样性指数( H0 ) 表示,按照Wachira 等(1995) 的公式,Shannon′s 多样性指数
H0 = - ∑Xi ln ( Xi