软件工程毕业后的工作环境成了阻碍我选择这个专业的最大障碍，我该怎么办

你怕的是什么？喜欢就去做，管他什么后果和未来的变数呢。
再说，不会有十全十美的工作的。你要追求自己的兴趣，那必须有所放弃。不过我觉得摧残人伤身体的说法要各人自己去体会，工作性质决定了很多问题难以克服。

你要问你自己一个问题，你的兴趣到底来自于哪里？
另外，你还需要更深入的了解这个行业的更多信息，这些我就不知道了，需要你自己去寻找。不要在困难还没出现之前就被别人的故事和自己的想象吓到。你也许担心如果自己真的进入了，也真的碰到了别人说的种种现实问题，你也许会后悔当初怎么没相信，但是，这些困难是你在这个行业必须经历的，也就是说你要是真喜欢，就可以无视那些危害。还有一点，你必须确定自己在不考虑未来工作环境问题的情况下可以勤奋刻苦的提高自己的专业水准，而不会朝三暮四，不学无术，这就足够了。
至于关于这个行业的真实的从业感受，还要等有亲身经历的人帮你解答。
我能做的就是鼓励你选择自己真正喜欢，真的会付出心血去学习的专业。如果你选择的是未来谋生的工具，你可以再多选选，如果你选择的是热爱的事业（没多少人有这种切身的感受，就算那些口口声声说自己热爱自己的工作的人也是言不由衷），恐怕不能有过多顾虑。
希望能帮你理清思路。

这个专业毕业后，如果是倾向于技术方面，需要比较强的编码及算法能力，也就是常说的技术牛人。如果倾向于管理方面，则需要了解全面的软件工程学知识，首先每种编程语言都得有所研究，其次要具有较好的建模能力以及良好的方法学基础。你可以选择一个方向然后深入。另外，现在各个公司比较喜欢年轻的程序员，如果你出去十年以上却建树不多，那么作为一个Coder是很容易被淘汰的。这个专业需要时时刻刻的学习，因为技术发展太快了。最后，这个专业前景良好，祝你成功！