把对方已认证的增值税发票作废了

两个办法：
1、对方去国税局申请删除认证记录（未跨月的认证数据可删除），然后退回发票给你公司重新开具。
2、如对方国税局不肯删除，那过大概一个月后经稽核比对不符，对方税务机关会要求进一步核查，你必须在这个月将作废票做收入，然后凭已做收入的记账凭证和你公司主管国税局的证明材料对方允许抵扣。如你公司未将这张票作收入，那对方需作进项转出，你公司重新开票就可以了。

一般来说不会罚款，如确实过硬要罚的话将以“未按照规定开具发票，可以处一万元以下的罚款”

将增值税专用发票的发票联和抵扣联退回，并加盖作废章（如果在开票的当月购货方要先到主管国税做取消认证处理；如果在开票的次月发现无法做取消认证处理，但购货方主管国税的稽查部门会去检查这张发票企业是否抵扣，如果已经抵扣会要求企业做进项税转出。），然后重新开具。