发票金额大于付款金额，进项税如何抵扣

按发票税额金额抵扣。发票金额大于实际付款金额部分作为应付帐款处理。
分录为：
借；原材料（库存商品）[发票价款}
借；应交税金-应交增值税（进项税额）[发票税额]
贷；银行存款（现金）[实际付款金额]
贷；应付帐款[发票金额大于实际付款金额部分]
假定对方明确表示不再收取，计入营业外收入
借；原材料（库存商品）[发票价款}
借；应交税金-应交增值税（进项税额）[发票税额]
贷；银行存款（现金）[实际付款金额]
贷；营业外收入[发票金额大于实际付款金额部分]

按发票税额金额抵扣。发票金额大于实际付款金额部分作为应付帐款处理。

分录为：
借；原材料（库存商品）[发票价款}
借；应交税金-应交增值税（进项税额）[发票税额]
贷；银行存款（现金）[实际付款金额]
贷；应付帐款[发票金额大于实际付款金额部分]

假定对方明确表示不再收取，计入营业外收入
借；原材料（库存商品）[发票价款}
借；应交税金-应交增值税（进项税额）[发票税额]
贷；银行存款（现金）[实际付款金额]
贷；营业外收入[发票金额大于实际付款金额部分]

按认证的发票金额、进项税税额做抵扣。

未付款的部分以后再付款即可。

进项税金是通过防伪系统扫描机认证抵扣的，所以是发票税额全额抵扣的，在申报表上不能修改的（网上申报系统和国税征管系统不能修改的）。因此，你这份发票要退回去，重新开具最简单（当月操作，不要隔月），隔月了要用红字冲减，手续就多起来了。对你所说的这种情况，税法条文没有做出对应的规定。

1、按发票税额金额抵扣。发票金额大于实际付款金额部分作为应付帐款处理。2、和开票方协商，退回重开；3、如果开票方协商不给你重开，也不收取差额部分款项的话，就把这部分差额计入营业外收入