蛋白质长时间保存在40度会不会蛋白降低

不会的，蛋白降低是指蛋白质变性，如果单纯只是温度的影响，高温只有在60度以上才会变性，低温可能要在0度以下才会变性。
当然如果时间太长，由于其它因素，比如微生物等也会使蛋白质变性从而失去原来的价值。