客户把货款和运费一起打过来,我们代付运费怎么做账?

如果是你公司自己运输，则需要交纳营业税，收到货款时借银行存款，贷主营业务收入、应交税费——增值税（货款销项税）、其他业务收入（运费），月底按照相关费用结转产品成本和运输成本即可；
如果你公司是其他物流公司运输，则属于代垫运费，收到货款时借银行存款，贷主营业务收入、应交税费——增值税（货款销项税）、其他应付款（代收运费）；
不过既然是你公司开的运输发票应该是你公司自己运输，所以应该按照第一种方法处理