环境工程专业的考中科院哪个研究所适合呢？还有分好多研究方向是考上了再定，还是定了再考呢？

哪个都可以。
跨专业考研已经很普遍，不存在合适不合适，只是看你想去哪个所学习。
研究方向一般在报考时就要填写，考上后会按照你填写的方向分导师和研究组。
有的所在入学后还会再重新填报一次。不过大部分是先报定了再考。