犬夜叉结局三年后食骨井为什么消失后有出现了？

不消失跑出一窝犬夜叉怎么办

没有消失，只是和战国时代的联系断了
因为里面的妖怪都被戈薇净化了，那些妖怪是现实通往战国的媒介
后来戈薇又去了战国，估计是对犬夜叉的思念所致吧

四魂之玉最开始是因为桔梗强烈的“让玉消失去另一个世界”的意念，而穿越了时空的。
可以说，四魂之玉就是两个世界的关联。
而桔梗的意念，就是启动的钥匙。
之后桔梗死了，四魂之玉消失了，所以食骨井自然而然也消失了。至于为毛出现……你当这是少女漫画的完美大结局吧，OTZ。