中科院研究生院是否有市政工程专业

中科院没这个专业。
经国务院学位委员会批准，中科院生态研究中心中心拥有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理的博士学位授予权，具有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理、分析化学、人口资源与环境经济学、有机化学的硕士学位授予权，设有环境科学与工程、生物学博士后流动站。
具体可以参考 http://www.rcees.ac.cn/index/index.php

如果是你是给排水专业的，可以考取环境工程或环境化学方向。但是中科院做工艺的较少，偏生物和理论，报考的时候要考虑自己是否有竞争力或者自己是否有兴趣。