我08年毕业的，无锡工作1年多了，毕业后档案回到老家南通，现在无锡结婚，户口两年后才能转过来，档案咋办

一般档案都是随着户口走的。如果你想把户口迁回来，应该可以办婚迁。。不过程序方面可能需要一些手续，具体问题你可以问下户籍科。。
社保方面跟户口这些没太大关系的，不管你户口在哪里，你在当地（比如无锡）交的社保，你就在无锡可以享受社保的服务。
你现在问题是不是要不要把户口落在无锡，还是留在南通？
你还是具体问下户籍科，然后再决定要不要现在办这些户口和档案手续吧。