we do need to do something not to affect it, but rather to complement it.

我们确实需要做些事情了，但不是影响（改变）它，而是配合它。

do 在这里起强调作用，无实义。

not...but 不是...而是....

意译：我们确实需要做一些事情不是为了影响它，而是使它得到补充。

我们确实需要做一些不影响它，而是要补充。