公司经常使用员工身份证、毕业证申报项目，是否合法？

不合法。
首先，除非你是公司的法定代表人或者实际掌控者，否则，存在侵犯员工利益的危险；
其次，没有征的你的同意，而且公司用员工的证件申报项目，存在不符的情况，因为员工如果离职了，侵害着员工利益的同时，企业就不具备了相应的资质。对客户也是一种欺诈行为。

不合法，中国农资人才网里有个法规政策版块讲的很详细，你可以去看看