日本的“毕业证书”是不是叫做“毕业证明书”，他们毕业证明书的复印件上有日语的“无效”字样是什么意思

有‘复写无效’字样。加了水印的。

另外，日本的“毕业证书”不叫“毕业证明书”，是叫“卒业证明书”。

你提问的概念有些不清

日本大学或是大学院毕业，不发毕业证，只是直接发放学位证书，一个八开大的册子。日本叫做学位记。

你说的毕业证明书是在学校另外开的（单开的）一种手续。只是一张纸。证明你已经毕业了。
这张纸是原件才能生效。复印这张纸的复印件无效。所以这张只有水印 复印无效的字样。

在日本，如果在某处办某种手续，许需要使用这个证明，一般是拿着原件去，然后，在被确认后，由办手续的人复印一份存档。办手续的人会在复印件上盖章，并写上 原件已确认 的字样。

那个无效是指复印无效.
在日本的正式文件上,一复印,他就会显示无效这两个字.

补充一点。中文的毕业证书也是毕业证明书的简称。