业务专用章和营业执照名称稍有差别，会怎么样

你好，从某种意义上来说是有法律效应的。但是也属于违规行为。

分公司在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于分支机构，在法律上、经济上没有独立性，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。
你将分公司刻制具有法人资格的“有限公司”章，不仅违反了公安机关印章管理规定，对发生业务的相对方也是一种欺诈行为。

与公司名称不符的印鉴是无效的，其鉴印行为不代表公司的意思表示。