官职权限。

从职务上来说，长负责行政，书记负责党务和人事安排。但是党领导一切，所以在特别的时候书记有最终决定权。
书记负责告诉大家做什么（方针、规划、计划），长负责告诉和带领大家怎么做（如何执行、执行）。书记负责在什么位置安排什么人，长根据工作需要，建议在什么位置安排什么人。所以说最终决定权在书记手中，也就是说书记比长大。
不过有时候，长的能力大幅度超过书记，和有强劲背景那么就会反客为主，只要矛盾冲突不大，一般不会做调整，但是如果冲突比较厉害，影响正常工作，上级就会做调整。