对公司账务不见全的，为什么要定税，交完定税后，发票还要以公司账务不健全的税金缴纳？这合法吗？

合法

这就是税收征管中的核定征收。

不要怀疑。税法中明确规定，对公司财务制度不健全的，由于无法核定其收、支、利，所以税务部门不能查账征收，只能按照核定征收，即按照“定额税”交纳税款。

开发票就要交税喽。
定税定的是企业所得税。
这些都有相关规定的。

你们公司规模多大?制度不建全也就是说没有正常申报交税的,当然要交定额税,相当于罚款吧.