请问在tomcat下配置jndi数据源是应该在server.xml下还是在context.xml下呢

呵呵！要配置这个东西是在context.xml下。配置。

server.xml
是配置tomcat的端口啊，服务端，国际化什么的！~

比如说配置连接池的话
要先到server.xml下面的Resource 配置 然后用context.xml加载

其实context.xml就是tomcat的上下文。

tomcat核心也是servlet，过滤器，监听器了其它都没有什么了！

纠正一下一楼的。两个是都可以的。
在server.xml下配置你必需重启服务器才能生效，而context.xml配置保存后tomcat会自动加载无需重启
大胆尝试就对了。