年度亏损核定备案表

原则上不会的。
只要你06年 07年已在税务局进行了亏损备案，就可以在以后5个纳税年度弥补。
但实际上会给你09年的申报带来麻烦。
因为年度申报表附表四弥补亏损表，有可结转以后年度亏损额这个栏次的，在09年申报的时候，CTAIS系统会把09年的申报表和08年的申报表进行逻辑审核的，可能产生系统无法保存的情况。但因为网上申报平台是单向读取数据的，所以在网上申报不会有这种问题的。
但如果税务局发现问题后认真执法的话，罚你款也是合法的。
所以我奉劝尽早去税务局更正申报表，免得以后有麻烦。