非法侵占在没有及时报警的情况下还了一些？还能以刑事案件立案么？

首先你的朋友的行为在民法上属于违约行为，不知道你在委托他的时候是否和他签订了委托合同，即使是口头的他也违法，你追回一些货款应该不影响他非法侵占罪的成立，这是很明显的非法 侵占他人财产的行为，受《民法》的调整，所以建议你直接提起民事诉讼或者是去所在地的公安机关报案，拖得时间越长对你越不利，而且要保存好自己已掌握的证据，例如：你在给他汇款时的汇款单，你当时委托他的委托合同或者买卖协议等。
祝君好运！