南阳理工学院软件软件类专业跟二本的毕业证一样吗？

一样。
软件学院是南阳理工的一个系，不是一个单一的学校。毕业证肯定会写你的专业了。不写你所在的系别。
挂着三本的名号，收费高！只是多挣点钱，能给学校多点收入。现在的学校不都是想着法去挣钱嘛。你应该理解的。呵呵。