去香港机场坐飞机到巴厘岛，可以凭电子机票过香港海关吗？

可以的。
自深圳机场享受“港深机场中转服务”需要你是下列公司的航班
1. HX香港航空
2. UO香港快运
3. CI中华航空
4. AE华信航空
可以在深圳就办理登机手续。

但是如果你选择持中国护照过境香港，无需签注就可在香港停留7天后继续行程。
香港特区政府入境事务处：
经 香 港 过 境 往 来 另 一 国 家 或 地 区 的 中 国 护 照 持 有 人 ， 可 于 每 次 入 境 时 获 准 在 港 逗 留 七 天 而 毋 须 事 先 取 得 进 入 许 可 ， 但 他 们 必 须 符 合 一 般 的 入 境 规 定 ， 包 括 持 有 前 往 目 的 地 的 有 效 入 境 证 件 及 经 确 认 事 先 已 预 订 前 往 海 外 的 续 程 车 ／ 船 ／ 机 票 。

过海关没有问题，如果你并不打算在香港逛的话，走罗湖做火车就太费神费时间了，走蛇口码头做渡船，在码头直接办理登机托运手续，1个小时坐船直达香港机场，十分省时省力。

你可以打电话问一下出入境，如果是坐飞机直达，不出机场，是没问题，因为你做的交通工具是要到香港境内，问具体部门吧。

可以的