电脑中毒，而且很深，在C盘里面查出几十个木马和病毒文件

重新启动---不断按F8，进入安全模式，用杀毒软件开始杀毒

1，开机进入安全模式进行全盘杀毒（可使用瑞星2009）并查杀木马（360安全卫士）
2，如果仍然无法修复系统，只有重做系统，注意以下几点:
a 系统安装时最好格式化系统分区；
b 安装系统后不要访问其他不能确定无毒的磁盘分区；
c 立即安装杀毒及木马查杀软件软件并立即升级病毒库（事先考到安全的U盘中，第1条推荐的软件）；
d 进行全盘杀毒；
e 安装其他软件。

希望对你有所帮助。

也不一定中毒，也许是相关文件被损坏。建议解决办法：
1将重要的不可下载的个人文件转移至U盘
2，将U盘到别的机上杀毒。
3，将硬盘完全格式化。
3，分区
4，C盘安装系统。
5，D盘放程序，其他自便。
6安装完后360卫士下载补丁。
7安装防毒杀毒软件并进行对C盘，D盘进行杀毒和监控。
这样不仅可以彻底清除病毒，还可以使自己的系统完整。

建议重做系统，初步估计其他分区也被感染了，在备份必要文件之后重做系统。