没有施工总承包单位的情况下如何认定材料采购部分税金申报问题？

我公司目前承接一综合治理项目。该项目属于政府的基本建设项目，由政府指定一家公司作为代理业主，其建设资金由财政局直接划拨代理业主单位，并委派审计中介介入施工过程进行现场签证。
我公司目前承接一项目。该项目属于政府的基本建设项目，由政府指定一家公司作为代理业主，其建设资金由财政局直接划拨代理业主单位，除监理单位外，还委派审计中介介入施工过程对土建工程量及材料使用量进行现场签证确认认可。
根据政府要求项目涉及的所有材料由代理业主单位自行采购，而我公司只承担土建部分的施工，这样就造成没有一家是施工总承包单位（政府财政部门最终根据审计单位工程决算审计直接划拨建设资金到代理业主单位，代理业主单位不需要开具发票去报帐）。对此地税部门提出异议。
例：因为一般的项目都有施工总承包单位，比如1000万的工程造价（虽然土建部分400万，材料部分600万），施工总承包单位都会以1000万的造价申报缴纳税金并开具发票向业主方报帐，然后施工总承包单位根据供货方提供的发票支付材料款。
但由于这个项目事实上不存在施工总承包单位，并且土建和材料采购分开了，作为只承担土建部分的施工单位只会以土建部分的工程量造价400万向地税部门申报缴纳税金开具发票向业主方报帐；材料采购部分600万由业主方根据供货方提供的正规国税增值税发票支付，因此材料部分的600万没人向地税部门申报缴纳税金了。
那么这材料采购部分的600万需不需要向地税申报缴纳税近，该谁去申报缴纳？作为只承担土建部分的施工单位，是以建筑工程3%的营业税申报缴纳，还是以劳务分包5%的营业税申报缴纳？

没有施工总承包资质能否总承包工程 CM单位向业主承诺的GMP是否相当于施工总承包中的固定合同总价 广东有多少家房屋建筑施工总承包特级单位? 工程总承包、施工总承包、施工承包、劳务分包 施工总承包与工程总承包的区别是什么？其计价方式有什么不同？ 施工总承包资质可以接家装的活吗 工程总承包企业、施工企业资质等级 自有施工设备离境施工且在施工结束后回国的情况下如何办理报关手续 施工资质专业一级可以升总承包一级吗? “国家二级房屋建筑工程总承包施工企业”是什么概念？