这种情况需要转内销吗？

但是在申报的时候是逾期的是什么意思啊？货物已经上船了嘛？

因为逾期了，也就意味不能做出口退税了，因为对于增值税只有免、退、抵三种情况，现在免和退你都不符合了，那么只有抵了，也就意味着要做内销处理。
以后遇到这种可能会逾期的要到税务局退税科你们税款员那做延期，这样就可以退税了