知道了电机的轴承直径，减速比，怎么知道配低速轴

你的问题问得不清楚。
电机的选配参数最重要的一项是额定转矩。轴承直径（是电机输出轴直径吧？）跟选型计算没多大关系，电机输出轴能承受的扭矩是肯定大过电机额定转矩的。
你需要知道的是低速轴的最大扭矩！
要满足这个关系：电机额定转矩*减速比*减速机效率*安全系数>低速轴最大扭矩。
如果电机额定转矩过小，则会出现电机堵转烧坏。