出口币种是日元扣除美元海运费怎么做收入?

先确定你们公司的记账本位币是什么币种。

如果是人民币的话，那么就要把这些发生的外币以当期的即期汇率折成人民币，再入账

出口币种、运费币制，和你的帐务收入币制是没有关系的，按入账时汇率直接转化为你的帐务收入币种就可以了。

个人觉得，美元作为标准货币，应该先将日元兑现成美元，再扣除运费，或者直接用公司的美元账户支付运费，在收取日元