原来有E照（杭州萧山），现在有上海C1（原照注销）,现摩托车被扣，该如何处理

你E照注销了，还在开摩托就是不按准驾车型，跟无证一样的处罚，只有重，别说你有C1证，要不还要记分，认罚2000元以下吧！

按准驾车型不符处理,C1驾驶证扣12分,处200到2000元罚款,并扣车(有替代司机的除外)
还有有的地方是按无证驾驶来处理的,就看你哪里的交警怎么来处理

应该在办理C1的时候E照和C1是可以并照的为什么没有去办理合并呢。到你们那里车管所去开局证明。看看如何。