请问下在已经有房产证得房子上加盖有关部门知道后会怎么处理呢

首先你违法了土地管理法，还违反了建设有关的法律法规，平方和楼房的建设限高是不同的，而且楼房和平方的性质不一样，建议你最好到当地的土地局去申请，找土地的主管，给他点好处费，多给点，因为你的房屋违法条例比较恶劣知道么，要说罚钱可多了，私自盖楼房，而且土地的适用类型还不晓得呢，说罚你几万也得受着啊，呵呵，，所有就找土地局的人，一定要找头啊，记住了，他就会帮你处理的，呵呵，还有你家违法加盖三层楼，政府肯定会知道的，只不过是没空处理吧，或者是等待你们去办理相关手续，我是这方面的工作者，不是没发现，而且不想管，等到政府有关的政策下来或者普及了以后，你就倒霉了，我们这里就是这样的，有好多人，不办理相关手续，结果花了好多钱呢，才弄到手的，所以你要提早的去相关单位申请，花钱吃饭，给他们玩乐了，你的事情也就解决了，呵呵，希望可以帮到你啊，，打这些字很辛苦的，呵呵，祝你开心~~

不知你是那里的，反正在我们这里是没有事的，有关部门不会来管的，最多如果遇到拆迁，加盖的补偿会相对少一点，如果你已使用4年了的话，更不会有人管。
如果有人来罚款，在你能接受的范围内，可以罚，前提是罚款过后必须给你补证。
这些在我们这里都是行得通的（要稍微找点关系）

只要是自己的房子，加盖的不影响市容、不是危楼，是没有人管的，无论什么地方。你大可放心 。如果是危楼，他会给你拆掉。

是违章建筑，会维持现状不变，今后根据当地的政策统一处理。