is it in your bag?

第二句说明了的事“书在你包里面吗？”
第一句就不同了。如果没有语境，别人就很难理解了

is it in your bag说明前面已经提到这个it是什么了
如果已经提到你bag里面是book的话第二句is the book in the bag就有点重复了，用it 代替the book就好

in强调“在……里面”，on强调“在……上面”。