为什么有的句子加be动词，有的不加？

第一个句子HAVE做动词，第二个句子HAVE是现在完成时的固定格式

I was having dinner at a restaurant 是过去进行时，句型为“助动词be的过去式(was/were) 动词的现在分词”，这里的having是动词have的现在分词。
I have never borrowed any money from you是现在完成时，完成时句型是 have(has)+过去分词，这里的have即是句型中的have。

was一句用的是过去进行时，第二句用的是传统的现在完成时结构，结构不一样。一般来说，表达故事之类常用过去进行时。