离婚了但是离婚协议在妻子手里

生效，但协议书是双方的，所以理应有你一份，关键是离婚证办理后，就更为稳妥了。

在妻子手里？不会吧？应该是在民政局婚姻登记室吧？应该有存档的啊？
如果只是你们双方签订的，没有经过法院和婚姻登记机关的应该无效。
婚姻法31条：“男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产已有适当处理时，发给离婚证。”

离婚协议是有效的。
但没有经过婚姻登记处进行离婚登记，在法律上你们还是没有离婚。

如果没办理离婚手续,夫妻关系仍然存续，如果已取得离婚证书,协议就失去意义了。

不是一式两份的吗？

协议离婚必须到民政部门办理解除婚姻关系手续，如果你已办理，书上有没有离婚协议都没关系。